У Секретаријату Министарства обављају се послови од заједничког интереса за Министарство који се односе на: кадровскe, информатичке, опште и правне послове, анализу радних места, усклађивање рада унутрашњих јединица, сарадњу са другим органима; припрему предлога годишњег плана јавних набавки и плана набавки за министарство у складу са финансијским планом министарства; планирање динамике спровођења јавних набавки у зависности од обима и динамике пристизања захтева организационих јединица у складу са одобреним средствима у буџету министарства за те намене; обраду конкурсне документације; правни послови у вези са јавним набавкама; послови који се односе на руковање тајним подацима; правни послови на изради правилника и процедура рада за пословне процесе у министарству, набавку основних средстава, опреме и канцеларијског материјала; учешће у процесима који су у вези са стручним усавршавањем државних службеника, као и други послови из делокруга Секретаријата.
У Секретаријату Министарства образују се следеће уже унутрашње јединице:
1. Одељење за правне, кадровске и опште послове
2. Одељење за јавне набавке
3. Група за информационе технологије