За обављање послова из делокруга Министарства заштите животне средине образују се следеће
ОСНОВНЕ УНУТРАШЊЕ ЈЕДИНИЦЕ:
- Сектор за финансијско управљање и контролу
- Сектор за управљање животном средином
- Сектор за заштиту природе, ваздуха и озонског омотача
- Сектор за међународну сарадњу и климатске промене
- Сектор за управљање отпадом и отпадним водама
- Сектор за надзор и превентивно деловање у животнoj средини
- Сектор за планирање и спровођење инфраструктурних пројеката у области заштите животне средине
ПОСЕБНЕ УНУТРАШЊЕ ЈЕДИНИЦЕ
- Посебна унутрашња јединица - Секретаријат Министарства
- Уже унутрашње јединице изван састава сектора: Одељење за нормативне послове, хармонизацију прописа, управне и управно - надзорне послове у области заштите животне средине и Група за интерну ревизију
ОРГАНИ УПРАВЕ
Орган управе у саставу Министарства је Агенција за заштиту животне средине