У Секретаријату Министарства обављају се послови од заједничког интереса за Министарство који се односе на: кадровскe, информатичке, опште и правне послове, анализу радних места, усклађивање рада унутрашњих јединица, сарадњу са другим органима; припрему предлога годишњег плана јавних набавки и плана набавки за министарство у складу са финансијским планом министарства; планирање динамике спровођења јавних набавки у зависности од обима и динамике пристизања захтева организационих јединица у складу са одобреним средствима у буџету министарства за те намене; обраду конкурсне документације; правни послови у вези са јавним набавкама; послови који се односе на руковање тајним подацима; правни послови на изради правилника и процедура рада; индентификацију послова који проистичу из законских одредби којима се уређује област финансијског пословања и контроле у министарству, као и из стратегије развоја и акционих планова министарства и Владе и израду прилога и мишљења увези са припремом Фискалне стратегије за наредну и следеће две године, предлога годишњег финансијског плана за израду закона о буџету, оперативних финансијских планова и годишњег финансијског извештаја; израду анализа и информација које служе као стручна основа за утврђивање, планирање и спровођење финансијске политике, односно врши процену финасијског ефекта финансирања активности министарства на буџет, по акту који потписује министар, или лице које он овласти, а који на предлог министарства, ради усвајања разматра Влада; обраду података за исплату других примања и накнада запослених и ангажованих лица, службена путовања запослених у земљи и иностранству; вођење интерних пословних књига и усклађивања истих са главном књигом Трезора; организацију и вршење финансијских и функција исплата свих програма који дефинишу услове и начине субвенционисања корисника права субвенција из буџета; праћење реализације финансијских и материјалних средстава као и законско, наменско, економично и сврсисходно трошење буџетских средстава за програме и пројекте у области заштите животне средине као и усклађености са динамиком реализације плана јавних набавки; контролу валидности књиговодствене документације и праћење реализације буџета за програме и пројекте у области заштите животне средине у складу са годишњим планом и одобреним месечним квотама; припрему предлога финансијског плана за програме и пројекте у области заштите животне средине, за израду закона о буџету; анализе и у складу са прописима предлагање решења министру за финансирање активности министарства које нису планиране; учешће у процесима који су у вези са стручним усавршавањем државних службеника, као и други послови из делокруга Секретаријата.
У Секретаријату Министарства образују се следеће уже унутрашње јединице:
- Одељење за правне, кадровске и опште послове
- Одељење за јавне набавке
- Одељење за финансије