У Сектору за заштиту природе, ваздуха и озонског омотача обављају се послови који се односе на израду стратешких докумената у области заштите природе и биодиверзитета, одрживог коришћења природних ресурса и добара, као и планова и програма у области заштите природе; заштиту и унапређење квалитета ваздуха; успостављање и одржавање система за управљање квалитетом ваздуха; утврђивање стања квалитета ваздуха; одређивање мера за смањење емисија и побољшање квалитета ваздуха; учешће у припреми стручних основа за израду прописа из делокруга рада Сектора; имплементацију међународних конвенција, споразума, закона и других прописа везаних за заштиту природе, заштиту ваздуха и заштиту животне средине у другим секторима; заштиту природе и очување биодиверзитета; заштиту, очување, унапређење и управљање заштићеним подручјима и еколошком мрежом; учешће у процесима који су у вези са стручним усавршавањем државних службеника; обављају се и други послови из ове области.
У Сектору за заштиту природе, ваздуха и озонског омотача образују се уже унутрашње јединице:
- Одељење за заштићена подручја, геодиверзитет, еколошку мрежу и издавње услова заштите природе
- Одељење за биодиверзитет
- Одељење за заштиту ваздуха и озонског омотача