U Sektoru za zaštitu prirode, vazduha i ozonskog omotača obavljaju se poslovi koji se odnose na izradu strateških dokumenata u oblasti zaštite prirode i biodiverziteta, održivog korišćenja prirodnih resursa i dobara, kao i planova i programa u oblasti zaštite prirode; zaštitu i unapređenje kvaliteta vazduha; uspostavljanje i održavanje sistema za upravljanje kvalitetom vazduha; utvrđivanje stanja kvaliteta vazduha; određivanje mera za smanjenje emisija i poboljšanje kvaliteta vazduha; učešće u pripremi stručnih osnova za izradu propisa iz delokruga rada Sektora; implementaciju međunarodnih konvencija, sporazuma, zakona i drugih propisa vezanih za zaštitu prirode, zaštitu vazduha i zaštitu životne sredine u drugim sektorima; zaštitu prirode i očuvanje biodiverziteta; zaštitu, očuvanje, unapređenje i upravljanje zaštićenim područjima i ekološkom mrežom; učešće u procesima koji su u vezi sa stručnim usavršavanjem državnih službenika; obavljaju se i drugi poslovi iz ove oblasti.
U Sektoru za zaštitu prirode, vazduha i ozonskog omotača obrazuju se uže unutrašnje jedinice:
- Odeljenje za zaštićena područja, geodiverzitet, ekološku mrežu i izdavnje uslova zaštite prirode
- Odeljenje za biodiverzitet
- Odeljenje za zaštitu vazduha i ozonskog omotača