Сектор за управљање отпадом и отпадним водама обавља послове који се односе на:
- припрему стручних основа за израду прописа и непосредно учешће у изради прописа из делокруга рада Сектора;
- координацију активности на припреми, организовању и праћењу процеса израде и реализације стратегија, програма и планова у области заштите животне средине и управљања отпадом; утврђивање,
- координирање и развој циљева животне средине у области управљања отадом;
- успостављање и развој система управљања комуналним, биоразградивим и индустријским отпадом и сарадња са јединицама локалне самоуправе у погледу усаглашавања праксе и примене закона;
- праћење и учешће у хармонизацији националних прописа са прописима Европске уније у области управљања отпадом у оквиру прекограничног кретања отпада, издавања дозвола за управљање отпадом и дозвола за управљање посебним токовима отпада, као и планирања управљања отпадом;
- учешће у изради стратешких докумената, истраживачких и других планова и програма у области одрживог коришћења, очувања квалитета површинских и подземних вода, заштите вода од загађивања и управљања отпадним водама, њиховом усаглашавању са стратешким документима у области заштите животне средине и дефинисању циљева животне средине у погледу површинских и подземних вода и заштићених области, као и праћење реализације тих стратегија, планова и програма;
- утврђивање стандарда квалитета животне средине за површинске воде, подземне воде и седимент, параметара еколошког и хемијског статуса површинских вода, као и квантитативног и хемијског статуса подземних вода и класификације вода;
- одређивање рањивих и осетљивих подручја, као и заштићених области на водном подручју;
- припрему и предлагање мониторинга статуса површинских и подземних вода;
- контролу уношења и испуштања у површинске воде, подземне воде и јавну канализацију отпадних вода, успостављање мерења количина и испитивање квалитета отпадних вода пре и после њиховог пречишћавања;
- сарадња са другим државним органима и институцијама у остваривању политике заштите животне средине у области управљања отпадом и управљања водама;
- учешће у раду Преговарачке групе за Поглавље 27, раду секторских радних група и припреми преговарачке позиције;
- друге послове у овој области.
У Сектору за отпад и отпадне воде образују се уже унутрашње јединице:
- Група за нормативно-правне послове у области управљања отпадом и отпадним водама
- Одељење за управљање отпадом
- Одељење за заштиту вода од загађивања
- Одељење за отпаднe водe
- Група за планирање, припрему и праћење пројеката у области управљања отпадом и отпадним водама