U Sekretarijatu Ministarstva obavljaju se poslovi od zajedničkog interesa za Ministarstvo koji se odnose na: kadrovske, informatičke, opšte i pravne poslove, analizu radnih mesta, usklađivanje rada unutrašnjih jedinica, saradnju sa drugim organima; pripremu predloga godišnjeg plana javnih nabavki i plana nabavki za ministarstvo u skladu sa finansijskim planom ministarstva; planiranje dinamike sprovođenja javnih nabavki u zavisnosti od obima i dinamike pristizanja zahteva organizacionih jedinica u skladu sa odobrenim sredstvima u budžetu ministarstva za te namene; obradu konkursne dokumentacije; pravni poslovi u vezi sa javnim nabavkama; poslovi koji se odnose na rukovanje tajnim podacima; pravni poslovi na izradi pravilnika i procedura rada; indentifikaciju poslova koji proističu iz zakonskih odredbi kojima se uređuje oblast finansijskog poslovanja i kontrole u ministarstvu, kao i iz strategije razvoja i akcionih planova ministarstva i Vlade i izradu priloga i mišljenja uvezi sa pripremom Fiskalne strategije za narednu i sledeće dve godine, predloga godišnjeg finansijskog plana za izradu zakona o budžetu, operativnih finansijskih planova i godišnjeg finansijskog izveštaja; izradu analiza i informacija koje služe kao stručna osnova za utvrđivanje, planiranje i sprovođenje finansijske politike, odnosno vrši procenu finasijskog efekta finansiranja aktivnosti ministarstva na budžet, po aktu koji potpisuje ministar, ili lice koje on ovlasti, a koji na predlog ministarstva, radi usvajanja razmatra Vlada; obradu podataka za isplatu drugih primanja i naknada zaposlenih i angažovanih lica, službena putovanja zaposlenih u zemlji i inostranstvu; vođenje internih poslovnih knjiga i usklađivanja istih sa glavnom knjigom Trezora; organizaciju i vršenje finansijskih i funkcija isplata svih programa koji definišu uslove i načine subvencionisanja korisnika prava subvencija iz budžeta; praćenje realizacije finansijskih i materijalnih sredstava kao i zakonsko, namensko, ekonomično i svrsishodno trošenje budžetskih sredstava za programe i projekte u oblasti zaštite životne sredine kao i usklađenosti sa dinamikom realizacije plana javnih nabavki; kontrolu validnosti knjigovodstvene dokumentacije i praćenje realizacije budžeta za programe i projekte u oblasti zaštite životne sredine u skladu sa godišnjim planom i odobrenim mesečnim kvotama; pripremu predloga finansijskog plana za programe i projekte u oblasti zaštite životne sredine, za izradu zakona o budžetu; analize i u skladu sa propisima predlaganje rešenja ministru za finansiranje aktivnosti ministarstva koje nisu planirane; učešće u procesima koji su u vezi sa stručnim usavršavanjem državnih službenika, kao i drugi poslovi iz delokruga Sekretarijata.
U Sekretarijatu Ministarstva obrazuju se sledeće uže unutrašnje jedinice:
- Odeljenje za pravne, kadrovske i opšte poslove
- Odeljenje za javne nabavke
- Odeljenje za finansije