Кључни разлог за предложеним изменама су проблеми до којих је довела изградња малих хидроелектрана у заштићеним подручјима, уз велико негодовање и противљење како грађана који живе у непосредном окружењу односно у тим заштићеним подручјима, тако и стручне јавности, многобројних представника стручних и других институција, Заштитника грађана, невладиног сектора и других. Такође, и чињеница да број већ издатих одобрења за изградњу минихидроелектрана у заштићеним подручјима превазилази капацитет простора и знатно угрожава и деградира природу биљни и животињски свет, као и саме речне токове и рибљи фонд у тим токовима.
Такође, поједине одредбе Закона којима је извршено усклађивање са прописима Европске Уније, потребно је прецизирати и отклонити недостатке који су уочени у досадашњој примени тих одредаба Закона. У том смислу одредбе које се односе на поступак Оцене прихватљивости за еколошку мрежу као и одредбе о еколошкој мрежи су детаљније разрађене и потпуније дефинисане, чиме се један од најважнијих процеса у заштити природе, а то је процес успостављања еколошке мреже Републике Србије, односно еколошке мреже Европске Уније, НАТУРА 2000, дефинише у складу са захтевима Директиве 92/43/ЕЕЗ о очувању природних станишта и дивљих животињских и биљних врста (у даљем тексту: Директива о стаништима) и Директиве 2009/147/ЕЗ о очувању дивљих птица (у даљем тексту: Директива о птицама).
У вези са наведеним Влада је донела Закључак којим се усваја Програм о спровођењу јавне расправе.