Za obavljanje poslova iz delokruga Ministarstva zaštite životne sredine obrazuju se sledeće osnovne unutrašnje jedinice:
- Sektor za finansijsko upravljanje i kontrolu
- Sektor za upravljanje životnom sredinom
- Sektor za zaštitu prirode, vazduha i ozonskog omotača
- Sektor za međunarodnu saradnju, projekte i klimatske promene
- Sektor za upravljanje otpadom i otpadnim vodama
- Sektor za nadzor i preventivno delovanje u životnoj sredini
POSEBNE UNUTRAŠNjE JEDINICE
- Sekretarijat Ministarstva
- Kabinet Ministra
- Odsek za upravne i upravno-nadzorne poslove
- Grupa za internu reviziju